Os governos dos Estados envolvidos no projeto da Nova Transnordestina trabalham para acelerar as desapropriações das áreas por onde irá passar a ferrovia. Em Pernambuco, a Procuradoria-Geral afirma que em 15 dias haverá trechos liberados para obras em todos os nove lotes em que a obra foi dividida no Estado. Até o momento, foram desapropriados cerca de 40% dos 526 quilômetros referentes ao trecho pernambuco.
De acordo com o procurador Tadeu Alencar, as desapropriações restantes já foram documentadas e entregues à Justiça, que está tratando do pagamento aos proprietários. Os depósitos efetuados já somam R$ 19,82 milhões, 73,7% de um total de R$ 26,89 milhões.
No Ceará, o governo já concluiu a desapropriação de pouco mais de 10% dos 527 quilômetros a serem desapropriados. A expectativa é que todas as desapropriações estejam feitas até junho de 2010. Dos 473 quilômetros restantes, 177 quilômetros já saíram da alçada do governo e se encontram sob a tutela da Justiça, que negocia os acordos com os proprietários.