O Tribunal Regional Federal (TRF) da 4ª Região se posicionou a favor do sistema de cotas da Universidade Federal do Paraná (UFPR), que estabelece a reserva de 40% das vagas nos cursos a afrodescendentes e alunos provenientes do ensino público. O tribunal julgou o sistema constitucional ao dar provimento a um recurso interposto pela Universidade contra um mandado de segurança concedido na primeira instância, e que havia determinado a matrícula de uma aluna que se sentiu prejudicada pelo sistema de reserva de cotas.
A estudante obteve a liminar em 2005, alegando que o sistema de cotas feria o princípio da isonomia. Mas, no julgamento do recurso, o TRF da 4ª Região entendeu que o sistema é constitucional, pois está de acordo com o Plano Nacional de Educação, de 2001. Nos vestibulares anteriores, a UFPR enfrentou o mesmo problema - desde 2005, sofreu cerca de 70 ações judiciais movidas por alunos não-classificados no vestibular por causa das cotas. O TRF já havia suspendido uma ação civil pública movida contra o sistema de cotas da UFPR. Mas, assim como no resto do país, o entendimento não é unânime, tendo em vista que o Supremo Tribunal Federal (STF) ainda não se manifestou sobre o assunto.