Os governos de Anthony Garotinho (1999 a 2002) e Rosinha Garotinho (2003 a 2006) foram acusados de atos de corrupção que estão sob investigação da polícia, do Ministério Público e da Justiça. Em 2000, segundo ano do mandato do ex-governador, vários de seus colaboradores pediram demissão após acusações de corrupção. O último ano de seu governo, que foi dividido com a vice-governadora Benedita da Silva, teve as contas de gestão reprovadas pelo Tribunal de Contas do Estado (TCE).
Já em 2003, nos primeiros dias da gestão de Rosinha Garotinho, estourou um novo escândalo: o envolvimento de um de seus colaboradores em esquema de extorsão, remessa ilegal e lavagem de dinheiro, conhecido como Propinoduto. Rosinha decidiu exonerar Rodrigo Silveirinha, pivô do escândalo, da presidência do Conselho de Desenvolvimento Industrial do Estado.
Em seguida, o governo Rosinha sofre novo abalo com a denúncia de um suposto envolvimento com o esquema de corrupção que derrubou Waldomiro Diniz, na época assessor do então ministro da Casa Civil, José Dirceu. Ex-presidente da Loterj, Waldomiro, em conversa gravada com o empresário Carlinhos Cachoeira, que seria bicheiro, acertava contribuições mensais de R$150 mil para Benedita da Silva (PT) e Rosinha, ambas candidatas à época ao governo do Rio. As duas negaram.
Nas eleições municipais de Campos, em 2004, Garotinho e Rosinha foram denunciados pelo Ministério Público Eleitoral. O programa Cheque Cidadão, distribuído pelo estado, teria sido usado como moeda de troca na cidade por aliados do casal.
Nas eleições de 2006, a prática se repetiu. A participação do casal na campanha de Geral Pudim a deputado federal foi novamente alvo da Justiça Eleitoral. Rosinha e Garotinho foram declarados inelegíveis pelo Tribunal Regional Eleitoral (TRE), por abuso de poder político, mas a decisão só poderá ser aplicada depois do julgamento pelo Tribunal Superior Eleitoral (TSE).
O governo Rosinha chegou a empenhar, em um ano, R$100 milhões em campanhas publicitárias. Uma delas, no último ano de gestão, tentava imprimir ao governo a marca de ter realizado dez mil obras entre 1999 e 2006. Reportagem publicada pelo GLOBO mostrou que muitas dessas obras jamais tinham sido concluídas ou sequer iniciadas. Algumas das ações contabilizadas eram pequenos reparos de manutenção em tubulações realizados pela Cedae em favelas. O Ministério Público abriu procedimento para investigar o caso e a campanha publicitária foi retirada.
Por fim, Garotinho ficou 12 dias em greve de fome, em 2006, para protestar contra uma série de reportagens que mostravam a ligação entre empresas doadoras de sua pré-campanha eleitoral à Presidência da República e ONGs que prestavam serviços ao governo Rosinha. Dois anos depois, o MP denunciou o ex-governador por improbidade.
Este ano, uma operação da Polícia Federal e do MP, batizada de Segurança Pública S.A., denunciou Garotinho por formação de quadrilha. O ex-governador foi acusado, juntamente com o ex-chefe de Polícia e atual deputado estadual Álvaro Lins (PMDB), de pressionar delegados da Polícia Civil a contribuírem para uma caixinha. Álvaro Lins chegou a ficar preso e foi solto por decisão dos deputados.
